Στα προβλήματα στην πληρωμή της συνδεδεμένης στην αιγοπροβατοτροφία αναφέρεται με επιστολή της προς τον υπουργό Αγροτικής Ανάπτυξης η Ομοσπονδία Κτηνοτροφικών Συλλόγων και Κτηνοτρόφων Περιφέρειας Θεσσαλίας. Αναλυτικά:            

"Μετά από την τελευταία πληρωμή που έκανε ο ΟΠΕΚΕΠΕ και αφορούσε την συνδεδεμένη στην αιγοπροβατοτροφία παρουσιάστηκαν πλήθος προβλημάτων με αποτέλεσμα πολλά μέλη μας αλλά και κτηνοτρόφοι σε όλη την επικράτεια να μην πληρωθούν. Το πλήθος και η διαφορετικότητα των προβλημάτων εστιάζονται κυρίως στις παρακάτω κατηγορίες: 
-    Αρκετοί κτηνοτρόφοι που βρίσκονται σε Καλλικρατικούς δήμους με πεδινές και ορεινές εκτάσεις βρέθηκαν με στάβλο σε πεδινή περιοχή και βοσκότοπο σε ορεινή ή και το αντίστροφο με αποτέλεσμα να μην πληρωθούν. Είναι απαράδεκτο αυτό που έγινε και θεωρούμε ότι με καθαρά πολιτική απόφαση μπορούν να πάρουν θέση και να τους πληρώσουν την συνδεδεμένη που είχαν αιτηθεί,
-    Το πρόβλημα της απογραφής των αιγοπροβάτων με τελική ημερομηνία που είχε δοθεί στις 15-12-2015. Δημιουργήθηκε τεράστιο θέμα με την απογραφή αφού επηρεάζει και την εξισωτική αποζημίωση και υπάρχουν αρκετοί κτηνοτρόφοι που δεν πληρώθηκαν γι’ αυτόν τον λόγο. Και εδώ θεωρούμε ότι μπορεί να δωθεί πολιτική λύση και όσοι κτηνοτρόφοι έχουν κάνει απογραφή στο ζωικό τους κεφάλαιο οποιαδήποτε στιγμή να πληρωθούν. Άλλωστε η ηλεκτρονική απογραφή του ζωικού κεφαλαίου στα αιγοπρόβατα εφαρμόστηκε φέτος για πρώτη φορά και θα έπρεπε να υπάρχει μία επιείκια λόγω του ότι πολλοί κτηνοτρόφοι τότε γεννούσαν τα κοπάδια τους αλλά υπήρξε και μία αδυναμία από τους λίγους κτηνιάτρους που διαθέτουν τα κτηνιατρεία να περάσουν άμεσα όλες τις απογραφές σε σύντομο χρονικό διάστημα.
-    Το πρόβλημα με το μικροβιολογικό φορτίο και τους ελέγχους από τον ΕΛΓΟ ΔΗΜΗΤΡΑ-ΕΛΟΓΑΚ. Το συγκεκριμένο πρόβλημα αφορά τόσο τον ΕΛΓΟ ΔΗΜΗΤΡΑ – ΕΛΟΓΑΚ όσο και κάποια τυροκομεία. Στην πρώτη περίπτωση εμφανίζονται κτηνοτρόφοι είται χωρίς δείγματα και έλεγχο, είται με λιγότερα δείγματα καθώς και περιπτώσεις με τεράστιες αποκλίσεις στα δείγματα. Επειδή το πρόβλημα στα δείγματα εμπλέκει τόσο τα τυροκομεία όσο και τον ΕΛΓΟ ΔΗΜΗΤΡΑ-ΕΛΟΓΑΚ καλούμε τους άμεσα εμπλεκόμενους να λύσουν το συγκεκριμένο ζήτημα για να πληρωθούν οι κτηνοτρόφοι οι οποίοι στο συγκεκριμένο θέμα δεν έχουν καμία ευθύνη
-    Υπήρξαν κάποια τυροκομεία όπου καθυστέρησαν να στείλουν στοιχεία για την ποσότητα γάλακτος που είχαν παραδώσει οι κτηνοτρόφοι. Καλούμε όσα τυροκομεία δεν το έχουν κάνει να ενημερώσουν τον ΕΛΓΟ ΔΗΜΗΤΡΑ - ΕΛΟΓΑΚ για να μπορέσουν να πληρωθούν οι κτηνοτρόφοι.
Για ακόμα μία φορά η πληρωμή που έκανε ο ΟΠΕΚΕΠΕ ήταν με πάρα πολλές αδικίες. Υπήρξε ανετοιμότητα από πλευράς Υπουργείου καθώς οι παραμέτρους που θεσπίστηκαν  με υπουργική απόφαση στην πράξη δημιούργησαν πολλά προβλήματα και υπήρξε προχειρότητα με αποτέλεσμα για ακόμα μία φορά να αδικούνται οι κτηνοτρόφοι. Πρέπει άμεσα το Υπουργείο να παρέμβει πολιτικά και να δώσει τις απαραίτητες πολιτικές λύσεις και όχι να κρύβεται πίσω από τον ΟΠΕΚΕΠΕ. Καταλάβετε επιτέλους ότι ο μόνος που δεν ευθύνεται είναι ο έλληνας κτηνοτρόφος"