Tην αντίθεσή του εκφράζει το Πρυτανικό Συμβούλιο και οι Κοσμήτορες των Σχολών του ΤΕΙ Θεσσαλίας για το σχέδιο νόμου που αφορά το νέο Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας.
Οι θέσεις τους έχουν ως εξής:
Μετά την αποστολή της Πρότασης του Υπουργού Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων στον Πρύτανη του ΤΕΙ Θεσσαλίας την Δευτέρα 12.00 τα μεσάνυχτα, σχετικά με την Νέα Αρχιτεκτονική του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας, πραγματοποιήθηκε έκτακτη σύσκεψη του Πρυτανικού Συμβουλίου του ΤΕΙ Θεσσαλίας με συμμετοχή των Κοσμητόρων των Σχολών του ΤΕΙ Θεσσαλίας και αποφασίστηκαν τα παρακάτω:
Τα μέλη συντάσσονται με την πρόταση της Συγκλήτου του ΤΕΙ Θεσσαλίας που είχε αποσταλεί στον Υπουργό η οποία εκ του αποτελέσματος διαφαίνεται ότι δε λήφθηκε υπόψη.
Αναφορικά με το θεσμικό μέρος της πρότασης:
Το θεσμικό μέρος της πρότασης, είναι αντισυνταγματικό και προσβλητικό για τα μέλη ΔΕΠ, ΕΔΙΠ, ΕΤΕΠ και Διοικητικό Προσωπικό διότι:
-Υιοθετεί άνιση μεταχείριση έναντι των αντίστοιχων κατηγοριών άλλων ΤΕΙ (Πανεπιστήμιο Δυτικής Αττικής σύμφωνα με τις διατάξεις του Ν.4521/2018 και σχέδιο νόμου για το Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων). Με τρόπο άνισο και προσβλητικό όλα τα μέλη ΔΕΠ των δύο ΤΕΙ εντάσσονται σε προσωποπαγείς θέσεις στον «κουβά» ενός Γενικού Τμήματος, και όχι στα προβλεπόμενα Τμήματα, καταλύοντας τις αρχές της νομιμότητας, ισότητας και χρηστής διοίκησης εξαλείφοντας κάθε ίχνος αξιοπρέπειας, σε αντίθεση με ότι έγινε στο Πανεπιστήμιο Δυτικής Αττικής και στο Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων.
- Η πρόταση του Υπουργείου καταργεί το ΤΕΙ Θεσσαλίας από το χάρτη της Τριτοβάθμιας Εκπαίδευσης, μειώνει τα λειτουργούντα Τμήματα στη Λάρισα από έντεκα (11) σε επτά (7), και συνεπώς τον αντίστοιχο αριθμό του φοιτητικού πληθυσμού κατά 40%  ενώ αντίθετα στο Βόλο αυξάνει Τμήματα και φοιτητές.
- Επιβάλλει ως Πρυτανική αρχή, καταλύοντας κάθε δημοκρατική νόμιμη εκλογή των Πρυτανικών Αρχών, του νέου Ενιαίου Πανεπιστημίου την Πρυτανική αρχή του σημερινού Πανεπιστημίου Θεσσαλίας καταργώντας και αφανίζοντας τις εκλεγμένες Πρυτανικές αρχές των δύο ΤΕΙ.
- Δημιουργεί ένα όργανο διοίκησης στο οποίο επιβάλλει σχεδόν ονομαστικά ορισμένα μέλη χωρίς καμία διαδικασία εκλογής ή άλλης νομιμοποίησης από το Ίδρυμα.
- Ευτελίζει τους θεσμούς και επιτρέπει το διασυρμό των θεσμικών οργάνων Κοσμητόρων και Προέδρων Τμημάτων.
- Όλες οι διοικήσεις των Τμημάτων διορίζονται από τον νυν Πρύτανη του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας ενώ υπάρχουν ήδη εκλεγμένες!
- Δεν υπάρχει καμία μέριμνα για το καθεστώς ένταξης των μελών ΕΤΕΠ και ΕΔΙΠ.
- Καταργούνται όλες οι θέσεις ευθύνης (Διευθυντών και Προϊσταμένων Τμημάτων) του Διοικητικού Προσωπικού και παραμένουν μόνο στο Βόλο. Δηλαδή Διευθυντές και Προϊστάμενοι Διοικητικού Προσωπικού θα υπάρχουν μόνο στο Βόλο, καταλύοντας έτσι κάθε νομιμότητα στην ιεραρχία και καταπατώντας όλες τις θεμελιώδεις αρχές της Δημόσιας Διοίκησης.
- Καταργούνται όλα τα Τμήματα των Γραμματειών στη Λάρισα ενώ διατηρούνται στο Βόλο.
Αναφορικά με το τεχνικό μέρος της πρότασης:
Ενδεικτικά:
- Από τη Σχολή Επιστημών Υγείας καταργεί αυθαίρετα και χωρίς καμία αιτιολογία το Τμήμα Ιατρικών Εργαστηρίων του ΤΕΙ Θεσσαλίας, ένα επιτυχημένο Τμήμα με υψηλές βάσεις, πολλούς αποφοίτους με άμεση επαγγελματική αποκατάσταση και ύπαρξη στον πανεπιστημιακό χάρτη καθώς ανάλογα τμήματα υφίστανται σε άλλα δύο Ιδρύματα.
- Καταργεί όλη τη Σχολή Τεχνολογικών Εφαρμογών του ΤΕΙ Θεσσαλίας στην οποία λειτουργούν έξι (6) Τμήματαμε κατοχυρωμένα επαγγελματικά δικαιώματα μηχανικών Τ.Ε.και στη θέση της δημιουργεί Σχολή Τεχνολογίαςπου έχει μόνο τετραετή τμήματα σπουδών, εκ των οποίων μόνο δύο (2) στη Λάρισα και δύο (2) στην Καρδίτσα με εντελώς ετερογενή αντικείμενα. Μηδενίζει κάθε προοπτική ανάπτυξης πολυτεχνικών Τμημάτων στη Λάρισα και αφανίζει τα Τμήματα Μηχανικών ΤΕ που λειτουργούν ήδηστη Λάρισα.
- Το Τμήμα Επιστήμης Τροφίμων και Διατροφής πρέπει να ανήκει στην Σχολή Γεωπονικών Επιστημών και το Τμήμα Διαιτολογίας πρέπει να ανήκει στη Σχολή Επιστημών Υγείας.
-  Το Τμήμα Τουριστικών Επιχειρήσεων πρέπει να ιδρυθεί στη Λάρισα όπου ήδη λειτουργεί ως εισαγωγική κατεύθυνση και κατά το παρελθόν λειτουργούσε με επιτυχία ως Τμήμα. Ακόμη και το διετές πρόγραμμα επαγγελματικής εκπαίδευσης Τουριστικών Επαγγελμάτων ιδρύεται στο Βόλο και όχι στη Λάρισα που ήδη λειτουργεί το αντίστοιχο τετραετές πρόγραμμα σπουδών.
- Το Ινστιτούτο Αγροτικής Ανάπτυξης μαζί με το Αβερώφειο Αγροδιατροφικό Τεχνολογικό Πάρκο να αποτελέσουν ανεξάρτητο Νομικό Πρόσωπο με έδρα τη Λάρισα με τη μορφή ερευνητικού κέντρου και ταυτόχρονα τεχνολογικού πάρκου.
- Η έδρα της Σχολής Γεωπονίας οφείλει να είναι στη Λάρισα όπου υπάρχουν ήδη εξαιρετικές επιστημονικές και ερευνητικές υποδομές και όπου θα βρίσκεται και η έδρα του ερευνητικού κέντρου.

Παράλληλα δίνεται στη δημοσιότητα και η πρότασή τους για την οργάνωση και διοίκηση του νέου Πανεπιστημίου Θεσσαλίας όπως διαμορφώθηκε σε άτυπη σύσκεψη του Πρυτανικού Συμβουλίου και των Κοσμητόρων.
Αναλυτικά:
ΟΡΓΑΝΑ ΔΙΟΙΚΗΣΗΣ
Τα όργανα διοίκησης του νέου Πανεπιστημίου θα είναι τα εξής:
1.    Η Σύγκλητος
2.    Ο Πρύτανης
3.    Οι αντιπρυτάνεις
4.    Οι Σχολές διοικούνται από τις Κοσμητείες και τους Κοσμήτορες και τα Τμήματα από τις Συνελεύσεις και τους Προέδρους Τμημάτων.
ΣΥΓΚΛΗΤΟΣ
Μέχρι την διενέργεια εκλογών σύμφωνα με το νόμο, η πρώτη Σύγκλητος του ενιαίου Πανεπιστημίου αποτελείται από τον Πρύτανη, του Αντιπρυτάνεις, τους Κοσμήτορες όλων των Σχολών και τους Προέδρους των Τμημάτων κατά τα κατωτέρω, και τους προβλεπόμενους εκπροσώπους των λοιπών κατηγοριών προσωπικού και φοιτητών.
ΠΡΥΤΑΝΗΣ
Πρώτος προσωρινός πρύτανης του ενιαίου Πανεπιστημίου ορίζεται ο σημερινός Πρύτανης του ΠΘ.
ΑΝΤΙΠΡΥΤΑΝΕΙΣ
Η διοίκηση του νέου Ιδρύματος περιλαμβάνει (α) Δύο χωρικούς Αντιπρυτάνεις και (β) τρεις ή τέσσεριςθεματικούς Αντιπρυτάνεις.
Οι δύο χωρικοί Αντιπρυτάνεις έχουν έδρα τη Λάρισα και τη Λαμία αντίστοιχα. Πρώτοι προσωρινοί χωρικοί Αντιπρυτάνεις μέχρι τη διενέργεια εκλογών, ορίζονται οι σημερινοί Πρυτάνεις του ΤΕΙ Θεσσαλίας και του ΤΕΙ Λαμίας. Οι χωρικοί Αντιπρυτάνεις προΐστανται όλων των υπηρεσιών του Ιδρύματος που εδρεύουν στην αντίστοιχη πόλη.
Οι θεματικοί Αντιπρυτάνεις είναι τρεις ή τέσσερις με καθήκοντα όπως προκύπτουν από τον ν. 4485/2017. Οι προσωρινοί θεματικοί αντιπρυτάνεις ορίζονται από τη Σύγκλητο, με εκλογή μεταξύ όλων των σημερινών αντιπρυτάνεων των συγχωνευόμενων ιδρυμάτων.
ΣΧΟΛΕΣ
Οι υφιστάμενες Σχολές που δεν αλλάζουν σύνθεση Τμημάτων συνεχίζουν να διοικούνται από τους Κοσμήτορες που έχουν.
Σε όσες Σχολές δημιουργούνται νέα Τμήματα, γίνονται εκλογές για την ανάδειξη νέων Κοσμητόρων εντός έτους. Μέχρι εκείνη τη στιγμή, καθήκοντα προσωρινού Κοσμήτορα ασκεί Ο υπάρχων Κοσμήτορας της αντίστοιχης Σχολής του ΠΘ.
Στις νέες δημιουργούμενες Σχολές, γίνονται εκλογές για την ανάδειξη Κοσμητόρων εντός έτους.
ΤΜΗΜΑΤΑ
Τα καταργούμενα Τμήματα, μέχρι την ολοκλήρωση των σπουδών των εγγεγραμμένων φοιτητών (για ν+2 έτη) συνεχίζουν να διοικούνται από τα εκλεγμένα όργανα διοίκησης που έχουν.
Στα νέα δημιουργούμενα Τμήματα εφαρμόζονται οι ισχύουσες διατάξεις περί διορισμού Προέδρων και προσωρινών Συνελεύσεων μέχρι την απόκτηση αυτοδυναμίας.
ΔΙΟΙΚΗΤΙΚΕΣ ΚΑΙ ΟΙΚΟΝΟΜΙΚΕΣ ΥΠΗΡΕΣΙΕΣ
Στην έδρα κάθε χωρικής Αντιπρυτανείας λειτουργούν σε επίπεδο Υποδιεύθυνσης, οι ακόλουθες υπηρεσίες:
(α) Υποδιεύθυνση Ακαδημαϊκών Υποθέσεων
(β) Υποδιεύθυνση Διοικητικού
(γ) Υποδιεύθυνση Οικονομικού
(δ) Υποδιεύθυνση ΕΛΚΕ.
Κάθε Υποδιεύθυνση περιλαμβάνει Τμήματα...
Όλες οι Γραμματείες Σχολών και ακαδημαϊκών Τμημάτων του ενιαίου Πανεπιστημίου λειτουργούν σε επίπεδο Τμήματος. Οι θέσεις καλύπτονται κατά τις ισχύουσες διατάξεις. Προσωρινά καθήκοντα στα ήδη λειτουργούνται Τμήματα ασκούν οι ήδη τοποθετημένοι προϊστάμενοι Γραμματειών.
ΠΡΟΫΠΟΛΟΓΙΣΜΟΣ
Η Προϋπολογισμός του Ιδρύματος αποτελείται από τρεις αυτοτελείς επιμέρους προϋπολογισμούς:
(α) Τον προϋπολογισμό της Κεντρικής Υπηρεσίας του Πανεπιστημίου
(β) Τον περιφερειακό προϋπολογισμό της Αντιπρυτανείας Λάρισας και
(γ) Τον περιφερειακό προϋπολογισμό της Αντιπρυτανείας Λαμίας.
Αντίστοιχη διάρθρωση έχει και το Πρόγραμμα Δημοσίων Επενδύσεων. Τα υφιστάμενα προγράμματα Δημοσίων Επενδύσεων των ΤΕΙ Θεσσαλίας και Λαμίας μετατρέπονται αυτοδίκαια στα αντίστοιχα περιφερειακά προγράμματα Δημοσίων Επενδύσεων Λάρισας και Λαμίας.
Την ευθύνη σύνταξης, υλοποίησης και παρακολούθησης κάθε περιφερειακού προϋπολογισμού έχει ο αντίστοιχος χωρικός Αντιπρύτανης.
Οι περιφερειακοί προϋπολογισμοί καταρτίζονται υποχρεωτικά με βάση τον αριθμό των φοιτητών κάθε πανεπιστημιακής περιφέρειας.
Ο ενιαίος προϋπολογισμός καταρτίζεται μετά από προτάσεις των αρμοδίων Αντιπρυτάνεων και εγκρίνεται από τη Σύγκλητο. Κάθε προϋπολογισμός εκτελείται ξεχωριστά με ευθύνη των αντίστοιχων χωρικών Αντιπρυτάνεων και του Πρύτανη για την Κεντρική Υπηρεσία.
ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΟ ΠΡΟΣΩΠΙΚΟ
Για λόγους ισονομίας, εφαρμόζονται οι διατάξεις των παρ. 3 και 4 του Ν 4521/2018 και οι προτεινόμενες διατάξεις για τα ενιαία Πανεπιστήμια Ηπείρου και Ιονίων Νήσων.
Όλο το ακαδημαϊκό προσωπικό εντάσσεται σε οργανικές θέσεις ΔΕΠ της αντίστοιχης βαθμίδας. Στο νόμο θα καθορίζεται σε ποιο νέο Τμήμα εντάσσεται αυτοδίκαια το ακαδημαϊκό προσωπικό κάθε υφιστάμενου Τμήματος.
Για τα Τμήματα που προβλέπεται να κλείσουν, καθορίζεται στο νόμο σε ποιο νέο Τμήμα εντάσσονται τα μέλη ΔΕΠ μετά το κλείσιμο του Τμήματος μετά ν+2 έτη.
Επίσης στο νόμο καθορίζονται οι διαδικασίες με τις οποίες ένα μέλος ΔΕΠ μπορεί να ζητήσει την τοποθέτησή του σε άλλο Τμήμα από το Τμήμα αυτοδίκαιης ένταξης.
Για τα μέλη ΕΔΙΠ και ΕΤΕΠ θα εντάσσονται σε συγκεκριμένο ακαδημαϊκό Τμήμα.